Die Kreuzzüge begannen in der Zeit der Seldschuken, während der zweiten Epoche des abbasidischen Kalifats. Diese zweite Epoche war geprägt von Schwäche im Führungsstil der Kalifen. Zwar waren die Abbasiden offiziell die Kalifen dieser Epoche, faktisch jedoch hatten die Türken, dann die Buyiden und anschließend die Seldschuken das Sagen im Staat. Die Schwäche machte sich auch dahingehend bemerkbar, als sich verschiedene Emirate gebildet hatten und sie letztlich ganz autonom von den abbasidischen Kalifen agierten. Das ging sogar so weit, dass einige dieser Emirate, wie z.B. das der Almohaden oder der Fatimiden, ihren Führern den Titel ‚Kalif‘ oder ‚Führer der Gläubigen‘ vergaben, obwohl dieser Titel nur dem einzigen rechtmäßigen Kalifen gebührte. Es gab allerdings auch Emirate, die mit dem Kalifat zusammenarbeiteten oder ihm sogar folge leisteten, wie beispielsweise die Seldschuken, das Emirat der Zengi-Familie oder die späteren Ayyubiden. Allerdings verwalteten auch diese sich selbstständig. Auch wenn die abbasidischen Kalifen zu jener Zeit allgemein als gerecht und fromm galten und in ihrem Volk meist beliebt waren, so fehlte es ihnen wie bereits erwähnt an politischer Entscheidungskraft im Staat.
Zu Beginn des ersten Kreuzzuges bekleidete al-Mustazhir bi-‘llah das Amt des Kalifen. Zu seiner Zeit gab es etwa sieben eigenständige Emirate.
In den Jahren vor den Kreuzzügen befand sich das christliche Europa am Anfang des sogenannten „Investiturstreits“, einem Konflikt zwischen kirchlichen und weltlichen Herrschern um die Amtseinsetzung der Geistlichen und Bischöfe. Zudem wandte sich das byzantinische Reich an die europäischen Christen, da die muslimischen Seldschuken in der Region der heutigen Türkei immer mehr Gebiete der Byzantiner einnahmen. Diese besaßen durch innerstaatliche Konflikte nicht die nötige Stärke sich gegen die Seldschuken wehren zu können. Durch übertrieben dargestellte Berichte von Übergriffen der Muslime auf christliche Pilger versuchte man die europäischen Glaubensbrüder zur Unterstützung zu bewegen.
1088 wurde Odo de Châtillon zum neuen Papst ernannt und nannte sich von dort an Urban II. Er rief 1095 zum ersten Kreuzzug auf. Dazu veranstaltete er im gleichen Jahr eine Versammlung der Bischöfe und anderen christlichen Geistlichen aus Spanien, Frankreich und Italien in der französischen Stadt Clermont. Auch eine Delegation aus Byzanz nahm daran teil. Es wurde das zerrüttete Verhältnis der europäischen Königreiche untereinander thematisiert und Papst Urban II. rief die verschiedenen Abgesandten zur Beilegung ihrer Streitigkeiten auf. Um dies zu erreichen, verwies er auf die Stadt Jerusalem, welche zu dieser Zeit unter der Herrschaft der Muslime stand. Urban II. beklagte eine von den muslimischen Seldschuken ausgehende Schikane gegenüber den christlichen Pilgern nach Jerusalem und rief daher seine christlichen Glaubensbrüder zu einer gemeinsamen Eroberung der Stadt auf, um es von den aus seiner Sicht ungläubigen Muslimen zu befreien. Als Zeichen für die gemeinsame Aktion der europäischen Christen wählte Papst Urban II. das Kreuz, mit welchem die Kämpfer ihre Kleidung und Rüstung verzieren sollten. Der Aufruf hatte Erfolg und so zog der erste Kreuzzug 1096 los in Richtung Konstantinopel.
Während sich der erste Kreuzzug noch aufstellte, versammelte der französische Prediger Peter von Amiens (auch „Peter der Einsiedler“ genannt) einen Trupp von tausenden mehrheitlich kriegsunerfahrenen Bauern und Armen, allerdings auch einigen Adligen, um sich dem Aufruf von Papst Urban II. anzuschließen und in Richtung Jerusalem zu marschieren. Es war ein unstrukturierter Haufen von zum einen kampfeslustigen Leuten, die sich durch den Kampf Vergebung für ihre Sünden erhofften, zum anderen aus armen Bauern, die dem Hunger in Europa entfliehen wollten. Dieser sogenannte „Volkskreuzzug“ brach bereits vor den Kreuzzüglern auf und richtete auf seinem Weg gewaltiges Leid an. Unter anderem ermordeten sie schon in Europa, getrieben von kämpferischer Euphorie „die Ungläubigen zu besiegen“, hunderte Juden auf bestialische Art und Weise. Auch auf ihrem weiteren Weg mordeten und plünderten sie verschiedene Städte. Dies ging so weit, dass sich sogar der byzantinische König Konstantinopels über das blutrünstige Verhalten beschwerte. Der Volkskreuzzug gelang bis nach Nicäa (heutige Türkei), wo er von den Seldschuken aufgehalten wurde.
Zur gleichen Zeit versammelte sich der offizielle Kreuzzug in Konstantinopel. Auch wenn die meisten seiner Führer aus Frankreich kamen, war auch dieser Kreuzzug sehr unstrukturiert und hatte keine einheitliche Führung. Dies lag daran, dass die europäischen Könige sich nicht selbst an dem Kreuzzug beteiligten. Zum einen, weil sie mit dem Kampf gegen die Muslime in Andalusien beschäftigt waren. Zum anderen auch, weil der französische König Philipp I. und der deutsche König Heinrich IV. aus der Gnade der Kirche gefallen waren. Die Kreuzzügler standen aber in ihrer Brutalität dem Volkskreuzzug im nichts nach.
Vor Konstantinopel handelten die Kreuzritter mit dem König der Stadt aus, dass dieser sie mit Verpflegung und Ausrüstung versorge und sie im Gegenzug die Stadt nicht belagern würden, sowie ihm die von den Muslimen zurückeroberten Gebiete zu übergeben. Dies lag daran, weil der orthodox-byzantischer König Konstantinopels den römisch-katholischen Europäern nicht traute. Als die Kreuzritter weiterzogen, kam es in Kilikien (Türkei) zu einem Streit zwischen ihnen und dem Heer des byzantinischen Kaisers. Dies führte dazu, dass sich die byzantinische Armee in Richtung Izmir und Efes (beides Türkei) aufmachte, um die Seldschuken dort zu bekämpfen. Auch innerhalb der europäischen Kreuzzügler kam es zu Streitereien, sodass sie sich letztendlich auch aufteilten. Ein Teil von ihnen machte sich auf nach Edessa (Türkei), um dort die Grafschaft von Edessa zu gründen. Der andere Teil machte sich auf nach Antiochia (Türkei), nahm die Stadt nach siebenmonatiger Belagerung ein und ermordete mehr als 10.000 ihrer Bewohner. Anschließend gingen sie in Richtung al-Quds (Jerusalem) und obwohl sich Kerboga, der Führer Mosuls, Duqaq, der Führer von Damaskus und Radwan, der Führer Aleppos sich gegen sie stellten, wurden diese von den Kreuzzüglern besiegt, sodass diese zuerst 1098 die Stadt Maarat an-Numan (Syrien) einnahmen, wo sie grausames Leid, unter anderem auch Kannibalismus, verübten. Der Chronist Radulf von Caen, der an dem Massaker beteiligt war, berichtete: „In Maarat kochten unsere Leute die erwachsenen Heiden in Kesseln, zogen die Kinder auf Spieße und aßen sie geröstet.“ Von dort aus zogen sie weiter nach al-Quds welches dann 1099 erobert wurde. Die Kreuzzügler ermordeten dabei mehr als 70.000 der Bewohner, darunter nicht nur Muslime, sondern auch Juden und sogar Christen. Nach diesem Blutbad endete der erste Kreuzzug mit dem Fall von al-Quds in die Hände der Kreuzzügler.
Mit dem Sieg über al-Quds stieg der Kampfwille der Europäer. So sandte Italien im Jahre 1104 weitere Truppen, um die Kreuzzügler zu verstärken. Dadurch konnten diese die Stadt Haifa und Caesarea, 1107 Akkon (alle drei im heutigen Israel) und 1109 Tripoli (Libanon) einnehmen. Die Muslime konnten zu dieser Zeit den Kreuzzüglern nichts entgegensetzen und waren gezwungen einen Waffenstillstand auszuhandeln. So entstanden in Kleinasien vier Kreuzzüglergebilde: in Edessa, in Tripoli, in Quds und in Antiochia. Somit endete der erste Kreuzzug mit der Einnahme der Europäer eines großen Teils des Gebietes, vor allem al-Quds. Und auch wenn die Kreuzzügler den Sieg erringen konnten, war es zum einen kein leichter Sieg und zum anderen kein gefestigter. Es war kein leichter Sieg, weil sich etwa 300.000 Kreuzzügler auf den Weg machten, davon aber nur ca. 80.000 überlebten (etwa 40.000 gelangten jeweils nach al-Quds und Edessa). Es starben also während des ersten Kreuzzuges etwa 220.000 Kämpfer. Anschließend konnten die Kreuzzügler in Kleinasien keine Ruhe oder Sicherheit finden, da die Muslime zu jeder Gelegenheit versuchten Widerstände zu bilden. Daher konnten die Kreuzzügler zwar den Sieg erringen, konnten diesen aber nicht festigen und waren ständigen Spannungen konfrontiert.
Die Gründe für den Sieg der Kreuzzügler waren nicht ihre Stärke oder ihre Organisation. So waren sie, wie eingangs erwähnt, eine Herde von Pöbel, Wegelagerer, Söldner und wenigen Adligen. Ein großer Teil von ihnen starb während des ersten Kreuzzuges nicht nur im Kampf, sondern viele auch an Krankheit, aufgrund fehlender hygienischer Maßnahmen oder mangelnder Ernährung. Das kannibalische Verhalten der Kreuzzügler in Maarat an-Numan ist nur eine symbolträchtige Exzesse für ihre unzivilisierte Natur. Der Grund für ihren Erfolg trotz ihrer Primitivität war, dass die europäischen Katholiken untereinander und die orthodoxen Byzantiner sich kurzfristig für ein gemeinsames Ziel kurzgeschlossen haben. Für die Eroberung von al-Quds legten sie ihre Konkurrenz zueinander bei Seite und marschierten gemeinsam los. Auch wenn dieser wackelige Zusammenschluss nicht lange hielt, so war es doch zum Vorteil der Kreuzzügler, dass die Muslime sich zu dieser Zeit in einer Phase der Schwäche und des inneren Zwists befanden. So standen die verschiedenen Emirate teilweise in Konkurrenz zueinander in Punkto Machtanspruch und Territorium. Daher entging ihnen, vor allem den Führern der Muslime, zum Teil der Anmarsch der Kreuzzügler und sie konnten sich nicht einigen gemeinsam gegen sie zu kämpfen, um al-Quds vor ihnen zu schützen.